湖北应用技术学校与通山县三村建筑工程有限公司建设工程施工合同纠纷一案一审民事判决书

原告（反诉被告）：湖北应用技术学校。
法定代表人：高金英，该校董事长。
委托代理人：王耀堂，湖北天明律师事务所律师（代理权限为特别授权）。
委托代理人：费文峰，该校办公室主任（代理权限为特别授权）。
被告（反诉原告）：通山县三村建筑工程有限公司。
法定代表人：黄治斌，该公司董事长。
委托代理人：袁烽，该公司项目经理（代理权限为特别授权）。
委托代理人：阮建国，湖北旗开律师事务所律师（代理权限为一般代理）。

湖北应用技术学校（以下简称应用学校）与通山县三村建筑工程有限公司（以下简称三村公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2010年7月28日立案受理。2010年12月27日，本院以武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所已对应用学校校长高军平涉嫌被非法拘禁一案立案侦查，而该案的处理结果对本案的处理有利害关系为由，对本案中止审理。2012年4月24日，三村公司以武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所出具的《情况说明》来证明其项目经理袁烽涉嫌非法拘禁高军平证据不足为由，申请本院恢复审理。虽然武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所迟迟未对高军平涉嫌被非法拘禁案侦查终结，但是为了避免因涉案工程款迟迟不予结算给双方带来额外的经济损失，本院遂恢复了对案件的审理。2012年8月6日本院做出（2010）鄂州法民三初字第17号民事判决，判决撤销高军平与袁烽于2009年12月12日签订的《补充协议书》，驳回应用学校的其他诉讼请求。三村公司不服该判决，向湖北省高级人民法院提起上诉。2012年12月10日，湖北省高级人民法院作出（2012）鄂民一终字第94号民事裁定，以与本案关联的高军平被非法拘禁案尚在侦查当中，原审判决认定高军平与袁烽签订《补充协议书》时存在被胁迫行为的依据不足，判决认定事实不清，证据不足为由撤销原判将案件发回重审。本院另行组成由审判员廖春花担任审判长，审判员邹围、人民陪审员江杰参加的合议庭重新审理了本案。重审过程中，三村公司依法向本院提起反诉，要求应用学校支付工程款、保证金、利息，并赔偿损失。应用学校同时增加本诉诉请要求三村公司承担因工程质量问题需要的维修费用，同时应用学校申请本院依法对工程质量及维修费用进行鉴定，本院委托湖北省建筑工程质量监督检测中心和鄂州阳光建设工程造价咨询有限责任公司对应用学校教学楼屋面及北墙防水、食堂加固及屋面防水造价事项进行了鉴定。2013年12月4日本院依法公开开庭进行了审理，应用学校的委托代理人王耀堂、费文峰，三村公司的委托代人袁烽、阮建国到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
本诉原告应用学校诉称：2007年，三村公司共承接了应用学校位于鄂州市庙岭镇服务区的学生别墅楼、学生食堂及教学楼项目（下称“三项工程”）。2007年4月1日，应用学校与三村公司签订了《建筑安装工程施工合同》及《建筑安装工程施工补充合同》各一份，由三村公司承担应用学校学生公寓楼的施工，约定三村公司按合同约定工期完工，如延期则每延误一天罚款1万元，累计计算。2007年5月28日，双方在原合同的基础上，又签订了一份《补充协议》，工程名称变更为学生别墅楼，开工日期为2007年5月28日，2007年9月20日交付使用，合同对其它权利义务也作了约定。2007年5月28日，应用学校、三村公司就学生食堂项目签订了一份《建筑安装工程施工合同》，约定工程竣工时间为2007年9月28日，工期违约责任等同于学生别墅楼的约定。2007年12月13日，双方又签订了一份合同，由三村公司承接应用学校教学楼的施工，工程竣工日期为2008年6月1日，如延期则每延误一天罚款5000元，累计计算。双方在“三项工程”合同中均约定，在竣工验收前十天三村公司应向应用学校及质监部门提交全套技术资料和竣工报告，并做到完工场清。竣工工程经有关单位共同验收、验评，7天内向应用学校移交完毕，同时将资料报有关部门备案。
在工程合同签订后，三村公司即组织施工，由于三村公司的管理措施不到位，虽经应用学校催促，三村公司的工期严重逾期，且工程存在质量缺陷。2008年7月28日，三村公司向应用学校提交《关于申请验收食堂别墅的请求报告》，请求对别墅楼及食堂工程予以验收。2008年9月12日，三村公司申请对教学楼进行验收。由于三村公司未能提交合格的工程资料，质量缺陷也未修复，“三项工程”不能办理竣工交验手续，以致无法投入使用，三村公司的行为严重违约，并影响了应用学校的正常招生及相关工作，对应用学校造成了巨大的经济损失。为防止损失进一步扩大，应用学校敦促三村公司完善工程交验手续，但三村公司拒不办理，并多次采用非法方式索取工程款，特别是三村公司的项目经理袁烽在2009年12月11日至13日对应用学校的校长予以非法拘禁，胁迫签订了《补充协议书》。为维护应用学校的合法权益，特诉至法院，请求判令1、三村公司承担逾期竣工的违约金3555000元；2、撤销2009年12月12日签订的《补充协议书》；3、三村公司提交合格的工程资料，并配合应用学校完成工程验收手续；4、三村公司承担本案的全部诉讼费和其它费用。
2013年3月7日，应用学校增加诉讼请求：请求判令三村公司承担因工程质量问题造成的维修费664445.97元。事实与理由：三村公司承建的工程存在严重的质量问题，应用学校多次敦促其修复，但三村公司拒不办理，以致工程无法正常使用，对申请人造成了巨大损失。根据法律及合同约定，该费用应由三村公司承担。
本诉被告三村公司答辩称：1、三村公司承建应用学校的学生别墅楼、学生食堂、教学楼工程未按时竣工是因应用学校的原因造成的。当时三村公司进驻工地时，路、电、水都不通，影响了工期；应用学校与当地村民因征地补偿发生纠纷，当地村民经常堵路；应用学校擅自改变图纸和设计；应用学校未依约返还保证金和支付工程款，导致三村公司资金紧张。2、应用学校与三村公司并未约定工程延期竣工要支付违约金。双方合同约定的是罚款，而应用学校是无权罚款的，因此该约定无效。3、应用学校的第一项诉讼请求超过了诉讼时效。双方约定2007年6月30日完工，至应用学校起诉，已过了三年，诉讼时效已过。4、2009年12月12日签订的《补充协议书》是双方真实意思表示，且不违反法律法规禁止性规定，是合法有效的。5、三村公司已向应用学校提交了工程资料，应用学校为了拖欠工程款，才迟迟不愿办理工程验收手续。应用学校的教师及行政人员已于2007年9月底到一栋学生别墅楼办公，且学校已于2008年10月份开学。6、对于应用学校要求支付工程部分维修费的问题，因钢筋代用是经过学校同意的，且工程已过合同约定的一年保修期，发生漏水的责任不在三村公司而在应用学校。综上，应用学校的诉请没有事实和法律依据。
反诉原告三村公司提起反诉称：三村公司与应用学校于2007年4月1日、5月28日、12月13日签订了叁份《建筑安装工程施工合同》，约定三村公司承建应用学校的“三项工程”。为履行合同，袁烽四处筹钱，向应用学校支付保证金85万元，并垫资建设“三项工程”。工程竣工后，应用学校不依约支付工程款，拒不退还保证金。为此三村公司项目经理袁烽多次找应用学校催讨，故应用学校的校长高军平代表学校与三村公司的项目经理袁烽于2009年12月12日签订了一份《补充协议书》，根据该协议书约定，算至2013年12月4日，应用学校应向三村公司支付工程款、保证金、利息、补偿款共计7276383元。由于应用学校拖欠工程款，导致袁烽债台高筑，袁烽的债权人纷纷起诉袁烽，通山法院拍卖了袁烽的住房，致使袁烽无家可归，造成袁烽各项损失共计1093198元。故三村公司反诉请求：1、判令应用学校支付工程款、保证金、利息、补偿款共计7276383元，2、应用学校赔偿损失1093198元；如应用学校不按本次判决书支付欠款，请求法院按补充协议判其继续支付工程款利息、保证金利息、钢材违约金利息，直至付清欠款为止。
反诉被告应用学校针对反诉当庭答辩称：1、三村公司当庭增加诉讼请求，应增缴诉讼费，否则法庭应驳回其诉请；2、三村公司的诉请是依据2009年12月12日签订的《补充协议书》来计算的，该补充协议书系高军平受胁迫签订，依法应予撤销；3、袁烽的损失系个人债务，与本案无任何因果关系。综上，三村公司的诉请没有事实和法律依据。同时应用学校愿意按照之前签订的合法有效的合同支付工程款。
本诉原告应用学校为支持其诉讼主张，向本院提交了如下证据：
证据1、三村公司的企业法人营业执照及资质证书。拟证明三村公司的主体资格及其具备承建应用学校发包工程项目的施工资质。
证据2、2007年4月1日《建筑安装工程施工合同》及补充合同、补充协议。拟证明应用学校将学生别墅楼工程发包给三村公司施工，双方并对工程承包范围、方式、违约责任等进行了约定。根据合同约定，三村公司应于2007年9月20日将工程交付使用，每延期一天愿罚款1万元，累计计算。
证据3、2007年5月28日《建筑安装工程施工合同》，拟证明应用学校将学生食堂工程发包给三村公司施工，双方并对工程承包范围、方式、违约责任等进行了约定。根据合同约定，三村公司应于2007年9月28日将工程交付使用，每延期一天愿罚款1万元，累计计算。
证据4、2007年12月13日《建筑安装工程施工合同》。拟证明应用学校将教学楼工程发包给三村公司施工，双方并对工程承包范围、方式、违约责任等进行了约定。根据合同约定，工程竣工日期为2008年6月1日，经应用学校和有关部门验收合格后，三村公司自愿在竣工之日起10天内保证将教学楼交付应用学校使用；三村公司必须按约定工期完工，每延期一天愿罚款伍仟元，累计计算。
证据5、工程停工报告，工程复工报告。拟证明三村公司申请工期顺延的天数仅为19天。
证据6、申请工程款提前支付函（3份），领款单（8张）。拟证明在施工过程中，应用学校不差三村公司工程进度款，反而提前预付了工程款。
证据7、应用学校向三村公司发出的工作联系函及三村公司出具的承诺书。拟证明1、三村公司承建的学生别墅楼及食堂工程已逾期；应用学校并不欠三村公司工程进度款；3、三村公司承诺所有工程于2007年11月25日全部竣工并将合格工程交付学校使用。若工程延期，自愿接受每天1万元的经济处罚。
证据8、领款单（8张）。拟证明学校依三村公司的请求，预付了工程款30万元。
证据9、三村公司向应用学校出具的“关于申请验收食堂别墅的请求报告”及“工程验收请求报告”。拟证明三村公司申报学生别墅楼工程的完工时间为2008年7月28日，合同约定交付日期为2007年9月20日，延误312天；食堂约定竣工日为2007年9月28日，实际为2008年7月28日，延误304天；教学楼工程约定的完工时间为2008年6月2日，实际为2008年9月12日，延误103天。
证据10、应用学校向三村公司出具的“关于追索工期逾期违约金的联系函”及特快专递详情单。拟证明应用学校曾向三村公司主张过违约金。
证据11、应用学校向三村公司出具的关于三村公司组织第三人及民工向应用学校索要工程款违反合同约定的函、特快专递详情单（2009年11月26日）。拟证明三村公司多次采取不正当手段索要工程款。
证据12、补充协议书、工作联系函、报案材料、照片、病历、特快专递详情单（2010年1月30日）、立案告知书、讯问笔录。拟证明三村公司采取非法手段索取工程款，补充协议书是在受胁迫情形下签订的，应予撤销。
证据13、应用学校致三村公司的001号律师函及回函、002号律师函及回函、法定代表人高金英情况说明。拟证明应用学校对解决纠纷作出了努力，补充协议书不是应用学校和三村公司的真实意思表示。
证据14、工程检验报告（编号07111483--07111483），拟证明三村公司提供虚假的工程资料。
证据15、检举材料，工程质量存在的问题。拟证明三村公司施工过程中所存在的质量问题。
证据16、关于钢筋代用的通知，关于完善竣工验收手续的通知，国内特快专递邮件详情单（2份）。拟证明三村公司严重违反法律法规及施工规范，应用学校再次通知三村公司完善竣工验收手续及确认需维修项目。
证据17、食堂别墅建筑专业方面存在的问题（2011年3月28日），工程情况说明，照片一组，承诺书，应用学校食堂屋面漏水司法鉴定报告，应用学校教学楼屋面及北墙漏水司法鉴定报告，食堂、教学楼维修方案，建设工程造价鉴定书。拟证明系三村公司原因造成食堂教学楼质量问题，维修费用664445.97元应由三村公司承担。
证据18、收据（2张），发票（2张）。拟证明应用学校应确定工程质量问题的原因、维修方案、维修费用而支出7万元。
本诉被告三村公司为支持其抗辩理由，向本院提交了如下证据：
证据1、2007年4月1日、5月28日双方签订的《建筑安装工程施工合同》及补充协议；
证据2、2007年5月28日双方签订的《建筑安装工程施工合同》；
证据3、2007年12月13日双方签订的《建筑安装工程施工合同》。
证据1至证据3拟证明双方约定的三村公司承建的学生公寓楼的交付使用日期为2007年9月20日；学生食堂的竣工时间为2007年9月28日；教学楼的竣工时间为2008年6月1日。双方未约定违约金，三村公司属垫资施工，且向应用学校交纳了保证金。“三项工程”的保修期为从房屋竣工交钥匙时间起1年。
证据4、应用学校向三村公司出具的三张收据。拟证明三村公司向应用学校共支付保证金85万元，应用学校未按合同约定及时返还保证金，造成三村公司资金紧张，是工程延期的原因之一。
证据5、证人魏某的证言；
证据6、证人王某的证言；
证据7、证人袁某的证言；
证据8、证人朱某的证言；以上证据5至证据8拟证明：1、学生别墅工程按约定期限竣工（两栋是2007年9月，两栋是2007年11月），学生食堂是2007年11月竣工，教学楼是2008年8月竣工；2、部分工程未按时竣工的原因是：2007年6月才通路，7月才通电。应用学校与当地村民存在土地补偿等纠纷，村民经常堵路、拉闸停电，在施工公路上挖坑（致工程停工一个多月），老太婆躺在施工公路上阻止车辆进场（致使停工半个多月），庙岭服务区以电压不足为由停电（致使工程停工十几天），工程量增加及工程变更。工程逾期责任在应用学校。3、2008年应用学校在庙岭校区开过学，使用了三村公司承建的“三项工程”。
证据9、2009年12月12日，通山县通羊法律服务所出具的见证书，2009年12月12日签订的《补充协议书》；证明2009年12月12日签订的《补充协议书》是经过见证的，因此合法有效。
证据10、通山县通羊法律服务所执业证书、发票；证明通山县通羊法律服务所具备见证资格，并且收取了相关见证费用。
证据11、通山县通羊法律服务所的情况汇报。拟证明《补充协议书》签订时，高军平是真实意思表示，《补充协议书》合法有效。
证据12、武汉市公安局武昌分局对李木相的询问笔录；证明《补充协议书》是李木相起草的；签订协议时高军平是自愿的。
证据13、武汉市公安局武昌分局对余月志的询问笔录；证明高军平同意见证，法律工作者余月志依法见证；《补充协议书》是双方真实意思表示，高军平未受到任何威胁，《补充协议书》真实有效。
证据14、武汉市公安局武昌分局水果湖派出所出具的《情况说明》。拟证明袁烽并未胁迫高军平签订《补充协议书》，袁烽涉嫌非法拘禁高军平证据不足。
证据15、应用学校出具的三村公司项目经理袁烽的领款统计。拟证明《补充协议书》签订后，应用学校于2009年12月13日支付20万元，2009年12月28日至2010年1月26日分6次支付25300元，依约履行了协议的部分内容。
证据16、三村公司向应用学校出具的三份《工程验收请求报告》，工程资料目录。拟证明应用学校已经于2009年1月10日收到了三村公司提交的关于“三项工程”的各项工程验收资料。
证据17、《设计变更、洽谈记录》。拟证明因市场断货，原告管理科科长黄新发同意将直径为22毫米的螺纹钢材变更为20毫米。
证据18、证人吴某证言；
证据19、证人杨某证言；证据18、19拟证明张俊当时不是食堂工程施工员而是资料管理员，张俊的检举材料不实。
反诉原告三村公司为支持其反诉主张，向本院提交了如下证据：
证据1、2007年4月1日、5月28日双方签订的《建筑安装工程施工合同》及补充协议；2007年5月28日及同年12月13日双方签订的《建筑安装工程施工合同》。证明反诉原告三村公司承建反诉被告应用学校学生别墅楼、学生食堂、教学楼三项工程。
证据2、2009年12月12日，高军平与三村公司项目经理袁烽签订的《补充协议书》。证明应用学校下欠三村公司工程款、保证金、以及利息，应用学校并同意补偿三村公司损失。
证据3、三份收条。证明应用学校收取三村公司85万元保证金。
证据4、2007年应用学校与鄂州市文昌建筑安装有限公司庙岭分公司签订的《建筑安装工程施工合同》。证明应用学校行政楼880元每平方米；三村公司承建的学生食堂和学生别墅工程造价调至880元每平方米。
证据5、通山法院向三村公司项目经理袁烽下达的执行通知、法院拍卖袁烽私房的评估费及佣金收据、其他费用票据。证明应用学校拖欠三村公司工程款导致其项目经理袁烽损失1093198元。
反诉被告应用学校为支持其抗辩理由，向本院提交了如下证据：
证据1、借支单、领款单、领条共58份；收条、电汇单及对账单6份；领条7份。证明应用学校已经向三村公司支付工程款3128643元。
证据2、借支单、领款单、欠条及发票13份，证明应用学校已经支出，有待三村公司核实的款项121417元。
三村公司在第一次审理中止期间向本院提交了两份法律文书，经过双方当事人同意，该证据在本次审理中予以举证、质证。三村公司提交的证据是湖北省咸宁市中级人民院（2011）咸民三终字第217号民事判决以及湖北省高级人民法院（2012）鄂民再申字第00051号民事裁定书，证明湖北高龙文化发展有限责任公司是应用学校的投资创办人；应用学校的土地使用权人是湖北高龙文化发展有限责任公司；应用学校收取了三村公司保证金85万元；应用学校曾经开过学。
本诉被告三村公司对本诉原告应用学校提交的证据的质证意见为：对证据1无异议；对证据2、3、4的真实性没有异议，但认为合同没有约定违约责任，约定的是罚款，而应用学校不具备罚款资格，相应的条款无效；对证据5真实性没有异议，但认为该证据只是数次停工中的一次，施工过程中经常停工，不能证明应用学校的证明目的；对证据6真实性无异议，但与证明目的无关联性，反而证明应用学校违约拒付工程款，在三村公司的要求之下才支付的；对证据7认为工程逾期交付的责任在应用学校，该证据不能达到证明目的；对证据8真实性无异议，对证明内容有异议，没有返还保证金，没有按合同约定付款；对证据9真实性无异议，证明目的有异议，因为应用学校迟迟不验收，三村公司才申请验收；对证据10认为无法证明邮件内所装材料与名称一致，三村公司没有收到，且应用学校在起诉之前从来没有提出违约金的事情；对证据11认为系单方出具的函，没有证明力且与事实不符，三村公司是合法索要工程款；对证据12认为达不到证明目的，不能证明补充协议书是受胁迫签订的，只能证明补充协议书是双方真实意思表示，不是胁迫签订的，袁烽没有非法拘禁高军平；对证据13认为，001号律师函及回函是真实的，证明目的有异议，反而证明袁烽是受三村公司全权委托处理与应用学校的工程事宜，对002号律师函及回函表示不能达到证明目的，情况说明的真实性有异议，是虚假的；对证据14的真实性有异议，认为是应用学校在三村公司提供工程资料的基础上变造的；对证据15认为检举材料和工程问题与事实不符，张俊应出庭作证；对证据16中钢筋代用没有异议，认为是经过应用学校同意的，对完善工程竣工验收手续通知的真实性有异议，无法证明邮件内所装材料与名称一致，三村公司没有收到；对证据17认为，食堂别墅建筑专业方面存在的问题出具单位没有鉴定资质，不能作为证据使用，工程情况说明系单方行为，没有关联性，照片不能证明系涉案工程，承诺书真实性无异议，仅能证明袁烽同意加固方案，不能证明加固费用由三村公司承担，鉴定报告真实性无异议，但是工程已过约定保修期，责任不在三村公司，维修方案不能作为证据使用，加固的费用三村公司袁烽愿意承担，漏水与三村公司无关；对证据18认为收据不能作为付款凭证，除加固以外的费用三村公司不予承担。
本诉原告应用学校对本诉被告三村公司提供的证据的质证意见为：对证据1的真实性没有异议，但认为不能达到三村公司的证明目的，合同约定的“罚款”实质是违约金，约定的并非垫资而是按进度支付工程款，仅教学楼项目交纳了保证金，一年保修期违反法律法规强制性规定，保修期应为五年；对证据2的真实性没有异议，但认为只有2007年12月13日的收据是应用学校出具的，湖北高龙文化发展有限责任公司的两张收据与本案无关。保证金应在完工后返还，且保证金不按时返还不是工程延期的原因；对证据3的真实性不予认可，证人应出庭接受质证，四位证人仅朱某出庭；对证据4的真实性没有异议，但该证据不具备合法性，且见证程序不合法，应有两名法律工作者见证，并且应当由高军平和袁烽共同委托；对证据5中李木相及余月志询问笔录的真实性有异议，李木相笔录未载明时间及询问人记录人，余月志笔录仅有民警彭健一人署名，形式要件不合法。水果湖派出所2012年4月24日的情况说明已被其在2012年10月23日出具的《证明》否认；对证据6认为2009年12月13日的20万元是在胁迫下支付的，后来的25300元是按照原来签订的合同而不是《补充协议书》支付的；对证据7的真实性无异议，但不能达到证明目的，只能证明“三项工程”直到2008年9月才完工，我们认可收到资料单不表明资料是合格的；对证据8要求提供原件，同时说明只同意将四根螺纹钢筋由直径22毫米换成20毫米的；对证据9认为证人应到庭作证，张俊前期是资料管理员，后来是施工员，该证据不具有证明力。
反诉被告应用学校对反诉原告三村公司提交的证据的质证意见为：对证据1的真实性没有异议；证据2、3的质证意见与本诉中该证据质证意见一致；对证据4认为是案外人与应用学校签订的合同与本案没有关联；对证据5认为真实性无法确定，同时与本案没有关联。
反诉原告三村公司对反诉被告应用学校提交的证据的质证意见为：对证据1应用学校已经支付三村公司3128643元表示认可，该证据没有异议；证据2所列举款项121417元不予认可，袁烽不欠该款项。
应用学校对湖北省咸宁市中级人民院（2011）咸民三终字第217号民事判决以及湖北省高级人民法院（2012）鄂民再申字第00051号民事裁定书的质证意见是，判决书记载的内容不真实，代理人阮建国在两个关联案件中同时作为两个对立当事人的代理人对案件有影响。湖北高龙文化发展有限责任公司投资创办了应用学校，但两者是独立法人。
根据应用学校的申请，本院委托鄂州阳光建设工程造价咨询有限责任公司（下称阳光建工造价咨询公司）对应用学校食堂加固及屋面防水、教学楼屋面及北墙防水造价等事项进行了鉴定。2013年11月21日，阳光建工造价咨询公司出具《报告书》，结论为：食堂加固工程造价为153189.15元；食堂屋面防水工程造价有两种方案，按照武汉市房安建筑设计所方案造价为224748.99元，按照原设计图纸方案造价为368765.98元；教学楼防水工程造价有两种，按照武汉市房安建筑设计所方案造价为142490.84元（含北墙防水），按照原设计图纸方案造价为105313.49元。本院组织双方当事人质证，应用学校对鉴定结论无异议，三村公司对鉴定结论的真实性无异议，但认为工程已过保修期，防水工程的费用应由应用学校承担。合议庭认为，双方当事人均认可鉴定结论，该鉴定结论可以作为本案定案的依据。
根据三村公司的申请，本院于2013年12月2日到武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所，对“吴丰尧伙同三农民工把高军平带至通山，与袁烽无关”等事项进行了调查。调查结果为：一、吴丰尧等农民工没有参加非法拘禁高军平；二、高军平涉嫌被非法拘禁案尚在侦查过程中；三、水果湖派出所民警彭健认为袁烽没有非法拘禁高军平。法院组织双方当事人质证，三村公司认为调查结果基本与事实一致。应用学校认为公安机关办案民警无权对高军平涉嫌被非法拘禁案作出结论。合议庭认为，调查结果第一、二系客观事实，予以采信，第三项系办案民警个人主观判断，并非公安机关最后定案结果，因此本院不予采信。
本院对本诉原告应用学校提交的证据的分析与认定：三村公司对证据1没有异议，本院依法予以采信；证据2、3、4，三村公司对其真实性没有异议，仅对合同约定的违约金条款有不同的理解，本院依法对上述签订的合同予以采信；证据5，三村公司对其真实性没有异议，认为是数次停工中的一次，本院对该证据予以采信；证据6，当事人对证据的真实性没有异议，本院对证据记载内容予以采信；证据7，三村公司对其真实性无异议，但认为三村公司违约是由应用学校原因造成的，本院同样对该证据记载的内容予以采信；证据8，三村公司对其真实性没有异议，本院依法予以采信；证据9，三村公司对其真实性没有异议，但认为系应用学校迟迟不肯验收，三村公司才申请验收的，本院认为该证据不能达到证明目的，不予采信；证据10，三村公司称应用学校在此之前并没有提出违约金的问题，本院认为，应用学校仅证明其主张过违约金，未提及时间问题，本院仅采信该证据记载的内容；证据11，函件是应用学校单方的行为，且不能证明其证明目的，故本院对其证明目的不予采信；证据12，照片与病历相结合可以证明应用学校校长高军平于2009年12月13日在武汉大学中南医院被诊断为全身多处软组织损伤、双手烧伤的事实，报案材料与立案告知书相结合可证明水果湖派出所已对高军平涉嫌被非法拘禁立案的事实。对袁烽及余宝玉的讯问笔录可以证明高军平从武汉被带至通山的过程。工作联系函可以证实应用学校向三村公司主张了《补充协议书》不是其真实意思表示，该组证据可以证明高军平签订协议并非自己真实意愿，该证据与证据13互相印证证明《补充协议书》是受胁迫而签订；证据14，应用学校提交的工程资料上均盖有三村公司的公章，三村公司虽不予认可但未举出证据予以反驳，本院予以采信；证据15，因证人张俊未出庭作证，对该证据不予采信；证据16，其中三村公司对袁烽写的通知没有异议，从邮寄的文件名与完善工程竣工验收手续的通知一致，因此，该证据本院予以确认；证据17，该组证据能够证明应用学校食堂需要加固，食堂及教学楼需要维修。对证据18，除28000元收据不是正规发票外，其他票据是为本次鉴定所支出费用。
本院对本诉被告三村公司提交的证据的分析与认定：三村公司提交的证据1、2、3，应用学校对其真实性没有异议，本院对该证据予以采信。证据4，2007年12月13日应用学校收到的45万元保证金的收条，应用学校没有异议，本院予以确认，2006年4月1日、2006年4月6日，湖北高龙文化发展有限责任公司收到的共计40万元的保证金，因湖北高龙文化发展有限责任公司系应用学校投资人及开办人，且应用学校新校区的土地使用权是湖北高龙文化发展有限责任公司，该公司在新校区并没有工程，且袁烽除此工程外，并无其他在建工程，故该收条上注明的收到新校区工程保证金应当是此次工程收取的保证金。该证据本院予以采信。证据5、6、7、8，证人除朱某出庭外，其他证人未出庭，但证言中有关工程滞后原因之一是工程基础未完善、取水、用电等问题与案件事实相符，故本院对部分内容予以采信。证据9、10、11中所涉及的《见证书》均是袁烽单方委托，且只有一名法律工作者见证，其见证存在瑕疵，《情况汇报》是针对《见证书》所涉及的内容进行补充，且《见证书》的见证过程并不包括其见证了高军平从被带离湖北省教育厅时起至签订《补充协议书》止的这段时间内均不存在被胁迫行为。因此，证据9、10、11的证明目的本院不予采信。证据12、13，公安局的谈话笔录本身是在《见证书》所涉及的内容上进行的谈话，且《见证书》本身程序就存在瑕疵，证据14公安局出具的情况说明已经作废，因此，证据12、13、14不能证明2009年12月12日签订的《补充协议书》真实有效，该证据的证明目的本院不予采信。证据15能够证明应用学校向袁烽支付部分工程款的事实，但不能证明应用学校已经对《补充协议书》予以认可。证据16可以证明应用学校收取了三村公司的工程资料。证据17，在工程中偷工减料本身属于违反《建设工程施工管理条列》的行为，即便双方予以认可，三村公司也应当承担相应的责任和义务。证据18、19证人未出庭作证，该证据本院不予采信。
本院对反诉原告三村公司提交的证据的分析与认定：证据1，应用学校对该证据没有异议，应予以确认。证据2，应用学校已经予以否认，且高军平已经向公安机关报案，陈述该证据并非自己真实意思表示。因此，该证据不能达到其证明目的。证据3的意见与本诉被告证据4的意见一致。该证据应予以采信。证据4，该证据与本案并无实际联系，也无关联。证据5，该证据与本案所涉及的工程合同纠纷并无实际联系，即使应用学校下欠三村公司款项，也应按双方约定内容在符合法律规定的前提下计算利息或违约金。因此，该证据不予采信。
本院对反诉被告应用学校提交的证据的分析与认定：证据1，双方已经核对并认可的数额是应用学校已向三村公司支付工程款3128643元，本院予以采信。证据2，因应用学校提供的均是支付他人的款项的证据，三村公司并不认可，且应用学校也未提交其他证据予以证实系三村公司的债务，其中有26000元虽系袁烽出具的欠条，但袁烽表示自己已经不再下欠此款，同时应用学校在支付该款时并未征求袁烽认可，因此，该证据本院不予采信。
本院对两份法律文书分析与认定：该证据能够证明案件部分事实，本院予以采信。
综合双方当事人当庭举证、质证，法庭认证意见和当事人当庭陈述，本院认定事实如下：
2006年4月1日、4月6日袁烽向应用学校的投资人湖北高龙文化发展有限责任公司缴纳新校区工程保证金40万元。2007年4月1日，应用学校与三村公司签订一份《建筑安装工程施工合同》，合同约定，由三村公司承接应用学校位于鄂州市庙岭镇的学生公寓楼，工程造价为每平方米650元，承包方式为包工包料，工期为140天，从2007年3月31日进场至2007年8月20日竣工。付款方式为两栋楼房一层完工后应用学校返还三村公司所交保证金总额35%；两栋楼房二层完工后，再返还保证金的35%；两栋楼房封顶后全部返还保证金。工程全部完工后，经验收合格所有资料交清，应用学校支付工程款总额60%，三村公司交付房屋给应用学校使用；2007年10月31日支付工程款总额20%；2008年10月31日支付工程款总额15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。应用学校若发生资金困难可以延期一个月支付工程款。违约责任为如果三村公司延期则每延误一天愿罚款10000元，累计计算，三村公司达不到工程质量目标按工程总价百分之五罚款，应用学校违背合同造成违约，则承担违约金，违约金按总造价5%计算，同时按所欠三村公司工程价款总额计算利息，利息按月息一分计算。同日，应用学校与三村公司签订一份《建筑安装工程施工补充合同》，合同约定，学生公寓楼每平方米工程价格增加18元。2007年5月28日，双方签订一份《补充协议》，协议约定，将“湖北应用技术学校公寓楼”变更为“湖北应用技术学校学生别墅楼”，工程造价变更为每平方米770元，开工日期为2007年5月28日，4栋学生别墅毛坯全部完工时间为2007年6月30日，2007年9月20日交付使用。付款方式为4栋别墅二层封顶后，应用学校于2007年7月10日支付工程款总额的40%，验收合格交付使用时再支付工程款总额20%；2007年10月31日支付工程款总额20%；2008年10月31日支付工程款总额15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。合同另约定，原2007年4月1日签订的《建筑安装工程施工补充合同》作废。同日，应用学校与三村公司又签订一份《建筑安装工程施工合同》，合同约定，由三村公司承接应用学校位于鄂州市庙岭镇的学生食堂，工程造价为每平方米716元，承包方式为包工包料，工程竣工日期为2007年9月28日。付款方式为食堂两层完工后，应用学校返还三村公司所交保证金；三村公司施工完食堂一层后，应用学校在7月10日付工程款总额的30%；工程全部完工，经验收合格所有资料交清，应用学校支付工程款总额30%，三村公司交付房屋给应用学校使用；2007年10月31日支付工程款总额20%；2008年10月31日支付工程款总额15%；余下工程款5%在2009年10月31日付清。应用学校若发生资金困难可以延期一个月支付工程款。违约责任为如果三村公司延期则每延误一天愿罚款10000元，累计计算，三村公司达不到工程质量合格目标按有关规定处罚，应用学校违背合同造成违约，则承担违约金，违约金按总造价5%计算，同时按所欠三村公司工程价款总额计算利息，利息按月息一分计算。2007年12月13日，应用学校与三村公司签订一份《建筑安装工程施工合同》，合同约定，由三村公司承接应用学校位于鄂州市庙岭镇的学校教学楼，工程造价为每平方米920元，承包方式为包工包料包干价，工程竣工日期为2008年6月1日，经验收合格后，三村公司自愿在竣工之日10日内保证将教学楼交付应用学校使用。付款方式为2008年10月30日支付工程款总额40%，2009年10月30日支付工程款总额50%，余款10%作为质保金，2010年10月31日无质量问题一次性付清，应用学校若发生资金困难可以延期一个月支付工程款。三村公司承建应用学校的工程属于全垫资工程，三村公司承建应用学校的工程项目所发生的一切债权债务与应用学校无关。违约责任为三村公司如果延期交付则每延误一天愿罚款5000元，累计计算，三村公司达不到工程质量合格目标按有关规定处罚，应用学校不能按期支付工程款按所欠工程款总额计算利息，按银行正常利息计算。工程保修期为一年，在保修期内由于三村公司原因造成维修，三村公司在规定时间内修复，费用由三村公司承担。达不到上述要求，应用学校有权将保修项目委托其他单位，结算费用从三村公司质保金中扣除。三村公司委托代理人及项目经理袁烽在合同上签名。合同签订后，三村公司组织人员进场施工，在施工过程中，因工程基础未完成、用水、用电未及时解决等原因导致工程进度迟滞，三村公司承建工程未在合同规定的时间内完工交付。2007年8月，在施工过程中，因22号钢筋用完，三村公司使用20号钢筋代替了部分22号钢筋用于了学生食堂。2007年9月30日，应用学校向三村公司出具工作联系函，要求三村公司尽快将四栋学生别墅楼和一栋学生食堂交付学校使用。三村公司委托代理人及项目经理袁烽于2007年10月4日在工作联系函上签名。2007年10月30日，三村公司项目经理袁烽向应用学校出具承诺书，承诺应用学校在预支20万元至25万元工程款后，保证所有工程于2007年11月25日全部竣工并交付使用。2007年12月13日，三村公司向应用学校缴纳教学楼保证金45万元，2008年7月28日，三村公司向应用学校申请要求对四栋学生别墅及学生食堂进行验收。2008年9月12日，三村公司向应用学校申请要求对学校教学楼进行验收。2008年10月，应用学校开始使用建筑物。2009年元月10日，三村公司向应用学校交付了所承建工程的竣工资料各两份。
2009年12月10日，应用学校与三村公司在湖北省教育厅就工程款结算问题进行协商。双方协商无果后，应用学校原校长高军平在省教育厅大门被一伙人强行带离武汉，其中三村公司项目经理袁烽妻子余宝玉在车内乘坐。在此期间，袁烽曾电话联系其妻余宝玉。12月11日，袁烽与带离高军平的人见面后将高军平带至其通山县的老家。12月12日，高军平与袁烽签订一份《补充协议书》，协议约定，1、将三村公司承接的学生食堂、学生别墅的单价调整至学校行政楼单价（从原来的716元每平方米、770元每平方米调至880元每平方米）2、应用学校收取三村公司的保证金从2008年10月30日起算利息，利息每月4万元，直至付清为止；3、三村公司欠钢材供应商32万元的保证金，由应用学校从2008年10月30日按月息2分半计息付给三村公司，若应用学校未按期支付，则顺延计算至付清为止；4、原2006年三村公司交给应用学校的保证金40万元，应用学校愿意计算72000元利息作为对三村公司的补偿；5、应用学校在2007年至2008年所欠三村公司的工程款，应用学校愿意按月息一分计算支付给三村公司；6、应用学校在2009年12月20日之前与三村公司算清账目；7、三村公司项目经理袁烽在应用学校老校区的维修费三十万元，应用学校予以认可，并愿意从2005年12月30日起按月息2分计算利息付给三村公司；8、付款期限为2009年12月13日付给三村公司20万元；12月18日付10万元；12月30日付30万元；农历十二月之前付110万元。9、应用学校愿意用学校土地及附属物和所有财产作为履行债务的担保。同时袁烽聘请了通山县通羊法律服务所进行了见证，并出具了一份《见证书》。12月13日，应用学校支付三村公司项目经理袁烽工程款20万元后，高军平回到武汉。同日，高军平前往武汉大学中南医院急诊科就诊，该院诊断为：全身多处软组织损伤、双手点状烧伤。12月16日，高军平向武汉市公安局武昌区分局报案，称自己被绑架并非法拘禁、在被他人胁迫的情形下签订了《补充协议书》。
2010年元月30日，应用学校向三村公司发出工作联系函，函告内容是，高军平被胁迫签订的《补充协议书》是无效的，同时非法殴打、拘禁、绑架应用学校的校长高军平是非法的，并要求三村公司更换项目经理袁烽。2010年3月3日，三村公司向应用学校出具函告，因袁烽本人失踪导致农民工工资、材料款等无法兑现，故要求应用学校中止与袁烽结款，今后的工程转账与付款均由三村公司直接办理。2010年6月9日，三村公司又向应用学校发函，函件内容是：1、应用学校项目工程，三村公司已授权项目经理袁烽全权负责，应用学校可直接与袁烽联系工程结算事宜；2、应用学校工程的施工、验收、付款及2009年12月12日补充协议约定的事项都是应用学校与袁烽协议的，三村公司没有参与，也没有收到任何工程款；3、2010年3月3日，三村公司已致函应用学校，就农民工工资问题提出了可行性处理意见。2010年6月17日、6月22日，应用学校向三村公司去函，要求三村公司派人与应用学校协商解决工程遗留问题。
2010年9月10日，武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所对高军平涉嫌被非法拘禁一案予以立案。2012年4月24日，武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所出具“情况说明”一份，说明袁烽涉嫌非法拘禁证据不足，但高军平涉嫌被非法拘禁一案至今尚未侦查结案。2012年10月23日，武汉市公安局武昌区分局水果湖派出所出具证明一份，证明高军平被非法拘禁一案还在侦查当中，原2012年4月24日出具的“情况说明”无效。
2013年4月5日，本院根据应用学校申请对房屋漏水原因、房屋加固、维修方案进行鉴定，经鉴定机构鉴定学生食堂主体工程需要加固，学生食堂与学校教学楼均存在渗漏。食堂加固工程造价为153189.15元；食堂屋面防水工程造价有两种方案，按照武汉市房安建筑设计所方案造价为224748.99元，按照原设计图纸方案造价为368765.98元；教学楼防水工程造价有两种，按照武汉市房安建筑设计所方案造价为142490.84元（含北墙防水），按照原设计图纸方案造价为105313.49元。
经双方当事人核实，三村公司所承建的学生别墅楼面积为1048.76平方米，学生食堂面积为1970.02平方米，学校教学楼面积为1286平方米。依照合同约定工程总造价为3401199.52元。另外在工程施工过程中，因工程量增加，应用学校同意在合同约定之外增加2万元工程款作为对三村公司的补偿。2007年至2009年12月10日，应用学校共支付三村公司工程款2277643元，2009年12月13日至2013年期间，应用学校向三村公司共支付工程款851000元，共计支付3128643元。

本院认为，针对当事人的诉请理由及答辩意见，本案争议的焦点归纳为：1、工程延期交付的原因？延期交付是由哪一方造成？违约责任应由谁承担？合同中约定的逾期每天1万元罚款是否有效？湖北应用学校的本诉第一项诉讼请求是否已超过诉讼时效？2、通山县三村建筑工程有限公司是否已向湖北应用学校移交工程竣工资料，是否已完成竣工验收？3、工程是否存在质量问题维修费用如何计算？4、2009年12月12日签订的《补充协议书》是否受胁迫而签订？该协议是否有效？工程款的结算应按那一份合同执行？针对上述争议焦点，综合评析如下：
1、关于工程延期交付的原因，延期交付是由哪一方造成，违约责任应由谁承担，合同中约定的逾期每天1万元罚款是否有效的问题。
应用学校与三村公司分别于2007年至2008年期间签订的三份《建筑工程施工合同》以及学生别墅楼的《补充协议》均是当事人的真实意思表示，且不违反法律规定，属有效民事合同，应当受到法律保护，双方当事人应当按照约定的内容履行自己的义务。根据双方当事人举证以及本案事实，施工地点的路未通、施工用水、用电不方便是导致工程工期滞后的原因之一。应用学校做为工程发包人应当在施工方三村公司进场前确保工程的“三通”。由于施工前未达到“三通”条件，应用学校应对工期滞后负有一定责任。根据合同约定，学生别墅楼及学生食堂由三村公司垫资施工，应用学校应当在三村公司施工过程中返还保证金，但应用学校在收取了三村公司工程保证金后长期不予退还，造成三村公司在施工过程中因资金紧张影响了工期。因此，保证金未按合同约定及时退还也是工程工期滞后的原因之一，应用学校对此负有一定责任。应用学校做为发包人在工程逾期后应当积极与承包人三村公司友好协商，而不应当采取拖延支付保证金的方式。三村公司做为承包人在承接工程之前应当考虑垫资施工所带来的风险，因事先考虑不足，施工过程中多方面原因最终导致逾期交房，三村公司也负有一定的责任，故工程逾期双方均负有责任。从合同的实际履行情况来看，双方当事人均存在违约行为，三村公司逾期交房，应用学校逾期付款，导致逾期的原因系双方当事人共同造成。因此，任何一方当事人不能将所有的责任全部推卸给另一方，并要求对方承担责任。综上，无论应用学校本诉第一项诉请即要求三村公司承担逾期交房违约金3550000元是否已过诉讼时效，其诉请依据不足，应不予支持。三村公司要求应用学校支付补偿款、赔偿损失以及钢材违约金利息的诉请，因提供的证据与本案无关联，且诉请依据不足，故该诉请本院亦不予支持。合同中双方当事人约定每天1万元罚款虽然是当事人自愿行为，但约定的内容明显过高，应不予支持。
2、关于三村公司是否已向应用学校移交工程竣工资料，是否已经完成竣工验收的问题。
根据双方当事人提交的证据以及本案查明的事实，三村公司已于2009年元月10日将工程资料移交应用学校，应用学校提出该资料属于不合格资料，但应用学校未提供充分证据予以证明。关于工程是否已经竣工的问题，根据咸宁市中级人民院（2011）咸民三终字第217号民事判决查明的事实以及证人证言，2008年10月应用学校开始使用建筑物。依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条第一款第（三）项规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。2008年10月，三村公司承建工程已由应用学校实际占有并使用，应视为建设工程已经竣工。因此，应用学校要求三村公司提交合格的工程资料并配合完成竣工验收手续的诉请，应不予支持。
3、关于工程是否存在质量问题，维修费用如何计算的问题。
根据双方签订的《建筑安装施工合同》的约定，三村公司必须对工程质量负责，工程保修期一年，在保修期内由于三村公司原因造成的维修费用由三村公司自行承担。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十三条规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。学生食堂屋面加固属于主体结构部分，同时双方对应用学校学生食堂屋面加固改造均无异议，对鉴定的加固费用也未申请重新鉴定，因此，学生食堂屋面加固改造费用153189.15元应由三村公司承担。对于应用学校食堂屋面及教学楼屋面、北墙漏水的问题，由于应用学校在2008年10月已经占有使用该房屋，根据法律规定以及合同保修期一年的期限约定，三村公司不再继续承担保修义务。故应用学校要求三村公司赔偿因屋面漏水而产生的维修费用的诉请依据不足，应不予支持。
4、关于2009年12月12日签订的《补充协议书》是否受胁迫签订，该协议是否有效，工程款的结算应按那一份合同执行的问题。
根据双方当事人提交的证据及本院查明的事实，2009年12月10日，应用学校与三村公司协商无果后，应用学校原校长即《补充协议书》的签订人高军平在省教育厅大门被一伙人强行带离武汉，其中三村公司项目经理袁烽妻子余宝玉在车内乘坐。首先，高军平是被强行带离武汉的，其人身自由是被他人限制的，到达通山县之后，只有高军平一人与袁烽接触并签订了《补充协议书》；其次，高军平与袁烽签订的《补充协议书》与原《建筑安装工程施工合同》在内容上有很大差别，《补充协议书》在工程单价、工程款利息、保证金利息、违约金等内容上做了很大的调整，明显对应用学校不利。第三、虽然高军平是应用学校校长，但其对原合同做出如此大的调整时不与学校股东及其他负责人商量就签订了补充协议明显与常理不符，且没有任何证据证明该协议经过了应用学校的同意。2010年元月30日，应用学校发出工作联系函表示该《补充协议书》系高军平个人被迫签订，属于无效协议。同时三村公司向应用学校回函称，《补充协议书》系袁烽与应用学校签订的，三村公司并未参与。第四、在签订《补充协议书》之后，高军平回到武汉就立即就医、并且向武汉市武昌区水果湖派出所报警，经过医院诊断，其确有外伤。三村公司辩解高军平系袁烽从民工手上解救出来的，签订协议时高军平自愿签订，但高军平从离开通山县之后就以实际行动表明其签订的《补充协议书》不是其真实意思表示并向警方报警。综合以上情形进行分析，高军平与袁烽在签订《补充协议书》时意思表示不真实，根据《中华人民共和国合同法》第五十四条第二款之规定，一方以胁迫的手段，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院变更或者撤销。因此，应用学校请求法院撤销《补充协议书》的诉请符合法律规定，应予以支持。
应用学校在占有使用房屋后，未及时支付工程款应当承担返还工程款及相应利息的民事责任，双方应按照原《建筑安装工程施工合同》以及2007年5月28日签订的《补充协议》的约定进行结算。因应用学校不能证明已支付的工程款属于那一项工程，故拖欠的工程款利息按多数合同的约定计算。应用学校同时依照合同约定返还三村公司保证金及承担相应利息。三村公司应依法承担学生食堂的加固费用。
综上所述，应用学校本诉中请求撤销《补充协议书》以及要求三村公司承担维修费用的部分诉请符合法律规定，依法应予以支持，其他本诉诉请依据不足，本院不予支持；三村公司反诉要求应用学校支付工程款及利息、返还保证金及利息的诉请符合法律规定，但诉请明显超出法律规定部分不予支持，其他反诉诉请依据不足，本院不予支持。本案经审判委员会讨论决定，依照《中华人民共和国合同法》第四十四条、第五十四条、第六十条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条第三款第（三）项、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十二条之规定，判决如下：

一、撤销高军平与袁烽于2009年12月12日签订的《补充协议书》；
二、三村公司向应用学校赔偿学生食堂加固费用153189.15元；
三、应用学校向三村公司支付工程款292556.52元，并承担利息488172元（利息从2008年10月31日计算至2013年12月31日分段计算，利率按年息12%计算）；返还工程保证金850000元，并承担利息276335元（利息从2008年10月31日计算至2013年12月31日，利率按同期贷款利率计算）；
四、综合本判决第二、三项，应用学校于本判决生效后十日内支付三村公司各项费用1753874.37元；
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
五、驳回应用学校本诉其他诉讼请求；
六、驳回三村公司反诉其他诉讼请求。
本案本诉案件受理费41578元，由应用学校负担38215元，三村公司负担3363元；反诉案件受理费67634.73元，由三村公司负担47466.73元，应用学校负担20168元。鉴定费42000元由三村公司负担15000，应用学校负担27000元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于湖北省高级人民法院。上诉人应在提交上诉状时，根据不服本判决的上诉请求数额及《诉讼费用缴纳办法》第十三条第（一）款的规定，预交上诉案件受理费，款汇湖北省高级人民法院，开户银行：中国农业银行武汉市东湖支行，户名：湖北省财政厅非税收入财政专户，账号：052101040000369-1。上诉人在上诉期届满后七日内仍未预交诉讼费用的，按自动撤回上诉处理。

审判长　　廖春花 审判员　　邹　围 陪审员　　江　杰

书记员：吴祥勇