建始县野三河流域水电开发有限责任公司与恩某某新禹水利电力开发有限责任公司建设工程施工合同纠纷一审民事判决书

建始县野三河流域水电开发有限责任公司
曾晶
钟安国（湖北硒都律师事务所）
恩某某新禹水利电力开发有限责任公司
童军（湖北施南律师事务所）
邹勃（湖北施南律师事务所）

原告（反诉被告）:建始县野三河流域水电开发有限责任公司。
住所地:建始县高坪镇河落子村。
法定代表人:章志平，该公司执行董事。
委托诉讼代理人:曾晶，该公司总经理。
委托诉讼代理人:钟安国，湖北硒都律师事务所律师。
被告（反诉原告）:恩某某新禹水利电力开发有限责任公司。
住所地:恩施市沿江路金龙苑小区A栋1单元。
法定代表人:彭南亚，该公司董事长。
委托诉讼代理人:童军，湖北施南律师事务所律师。
委托诉讼代理人:邹勃，湖北施南律师事务所律师。
原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司（以下简称野三河公司）诉被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司（以下简称新禹公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2016年1月21日立案后，依法适用普通程序公开开庭进行了审理。
诉讼中，合议庭组成人员中人民陪审员由朱开保更换为冯建华。
被告新禹公司提起反诉，本院决定合并审理。
原告野三河公司委托诉讼代理人钟安国、曾晶、被告委托诉讼代理人童军、邹勃到庭参加诉讼。
诉讼中，双方当事人申请庭外和解，和解期间未达成协议。
2016年5月25日，被告新禹公司向本院申请鉴定，2016年10月27日因被鉴定人未提供完整鉴定资料，鉴定机构退回鉴定申请。
本案现已审理终结。
原告野三河公司向本院提出诉讼请求:1、被告返还超付的材料及施工款1151061.13元。
2、本案诉讼费由被告承担。
事实和理由:2006年6月26日，原、被告签订《建始县野三河水电站扩建工程前期工程交流洞、导流洞承包合同书》（合同编号:JYQ003），约定原告接受被告3512082.05元的投标价，将野三河水电站扩建工程前期工程交流洞、导流洞的施工发包给被告。
价格形式为单价合同，发包人预付5%的工程款，按月支付工程进度款，工程款的5%作为保留金，工程完工后经监理人复核、发包人审批后进行结算。
2006年11月13日，原、被告签订《建始县野三河水电站扩建工程前期工程坝区导流洞项目合同协议书》（合同编号:JYQ004），约定原告接受被告3649500.00元的投标价，将野三河水电站扩建工程前期工程坝区导流洞项目的施工发包给被告。
价格形式为单价合同，发包人预付10万元工程款，按月支付工程进度款，工程款的5%作为保留金，工程完工后经监理人复核、发包人审批后进行结算。
2006年11月9日，原、被告签订《建始县野三河水电站扩建工程前期工程厂区上下游围堰、交通明道项目合同协议书》（合同编号:JYQ005），约定原告接受被告3432259.00元的投标价，将野三河水电站扩建工程前期工程厂区上下游围堰、交通明道项目的施工发包给被告。
发包人预付10%工程款，按月支付工程进度款，工程款的5%作为保留金，工程完工后经监理人复核、发包人审批后进行结算。
2007年1月8日，原、被告签订《建始县野三河水电站大坝上坝公路合同协议书》（合同编号:JYQ006），约定原告接受被告2456077.00元的投标价，将野三河水电站大坝上坝公路项目的施工发包给被告。
发包人预付10%工程款，按月支付工程进度款，工程完工后经监理人复核、发包人审批后进行结算。
2007年4月26日，原、被告就该项目的新增施工项目“三道拐公路改造项目”签订《补充协议》，约定了三道拐公路改造工程量清单及单价。
2007年1月8日，原、被告签订《建始县野三河水电站主体引水隧洞1、2号支洞合同协议书》（合同编号:JYQ007），约定原告接受被告2291937.00元的投标价，将野三河水电站主体引水隧洞1、2号支洞项目的施工发包给被告。
发包人预付10%工程款，按月支付工程进度款，工程完工后经监理人复核、发包人审批后进行结算。
2007年2月18日，原、被告就“坝区导流洞工程”及“上坝公路”的抢险施工签订《协议书》。
2007年4月4日，原、被告就“坝区导流洞工程”及“上坝公路”“1、2号支洞工程退场”签订《协议书》。
2007年7月26日，原、被告就前述两份《协议书》的履行签订《补充协议的履行情况认定》，对被告履行协议奖励20万元。
上述合同签订后，原告按照合同约定向被告预付了工程款、支付工程进度款及材料款总计25094373.87元，被告亦按工程进度进行施工。
工程完工后，原告委托湖北中诚工程造价咨询有限公司对被告承包的施工标段进行工程结算审计。
2013年1月25日，湖北中诚工程造价咨询有限公司出具《造价咨询报告书》（鄂中诚字（2013）第010号），审定被告承包的施工项目结算总价为23943312.74元，原告超付了工程及材料款1151061.13元。
2014年12月1日，原告特向被告发函，要求被告于2014年12月15日前退还超付的工程款，并开具正式税务发票结算，被告收到后未予回复。
被告新禹公司承认原告在本案中所主张的事实，承认原告提出的全部诉讼请求。
被告新禹公司向本院提出反诉请求:1、原、被告对乔河口、陈家湾挡墙工程及上坝公路工程进行结算；2、野三河公司支付上述工程未付的工程款373502.35元（已扣减被反诉人超付的部分）；3、原告承担反诉费。
事实和理由:2006年6月，原、被告签订《建始县野三河水电站扩建工程前期工程交流洞、导流洞承包合同书》（合同编号:JYQ003），约定被告完成原告发包的野三河水电站扩建工程前期交流洞、导流洞的工程内容。
施工过程中，双方又于2007年11月20日签订《野三河电站陈家湾水土保持挡墙协议书》、2008年3月10日签订《野三河电站乔河口水土保持挡墙协议书》、2011年9月26日签订《野三河电站上坝公路工程补充协议》等协议。
工程完工后，双方对已完工工程项目进行了结算审计，但上述三份协议所涉工程项目内容漏审，导致该部分工程款原告一直未付。
2015年6月25日向原告传送上述三项工程的工程完工结算报表及《造价咨询报告书》，但原告未理会，于2015年10月8日向恩施市人民法院起诉要求被告新禹公司退回其他工程内容超付的工程款。
庭审中，被告新禹公司承认上坝公路工程款28万元已支付，变更反诉请求:1、原告支付乔河口、陈家湾挡墙工程的工程款93502.35元；2、原告负担反诉费。
原告野三河公司针对被告的反诉辨称，双方当事人签订的三份合同属实，合同已经履行完毕。
没有支付被告乔河口、陈家湾水土保持挡墙工程工程款的原因是该公司没有向野三河公司报送乔河口、陈家湾水土保持挡墙工程审计资料，新禹公司主张的工程款1244563.48元应经过审计再办理结算。
上坝公路工程款28万元已经支付。
另外，被告通过起诉请求保护民事权利已经超过二年的诉讼时效期间。
本院认为，双方当事人对被告承建案涉系列工程，工程经竣工验收合格已经使用没有争议，本院对该事实予以确认。
案涉系列工程属于应当招标工程，双方当事人在本院指定期限内未提交案涉系列工程经过招投标的证据。
故，案涉建设施工合同应认定为无效合同。
关于原告的主张，被告承认原告的诉讼请求，不违反法律规定，本院对原告的诉讼请求依法予以支持。
关于被告主张权利的时效问题。
被告相应权利主张的诉讼时效期间，应从被告知道或应当知道其权利被侵害时起计算。
从本案事实看，2006年以来，原告向被告发包多个工程，约定预付款、按月支付工程进度款，工程完工后对被告承包的施工标段进行工程结算审计。
由此可知，原告向被告支付工程款是连续、动态的过程。
2014年12月1日，原告向被告发函，要求被告于2014年12月15日前退还超付的工程款，被告2014年12月8日收悉。
货币作为种类物，无法显示支付的项目，被告2014年12月8日收到原告发函才知道原告未付工程款的数额，被告主张债权的诉讼时效应从2014年12月9日计算，其2016年2月21日提起反诉，未过二年的诉讼时效期间。
关于被告要求支付工程款的问题。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条  规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人要求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
同时，上述司法解释第十六条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
《野三河电站陈家湾水土保持挡墙协议书》、《野三河电站乔河口水土保持挡墙协议书》明确约定项目单价以及工程量据实结算，未约定工程款的结算应先行审计，被告抗辩案涉工程款的数额应以审计结果为依据无事实依据。
双方当事人及监理对上述工程的完工结算结论签字盖章予以认可，原告应按案涉工程完工结算报表上确定的数额1244563.48元（陈家湾水土保持挡墙工程款580672.15元、乔河口水土保持挡墙工程款663891.33）支付工程款。
原、被告双方的债务符合《中华人民共和国合同法》第九十九条  规定的抵销情形，双方债务抵销后，原告还应支付被告工程款93502.35元。
依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条  、《中华人民共和国合同法》第八条  、第六十条  、第四十四条  、第九十九条  、第一百零七条  、最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第十六条、最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条  规定，判决如下:
一、被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司返还原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司工程款、材料款合计1151061.13元。
二、原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司支付被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司工程款1244563.48元。
三、上述第一、二项判决确定的相互给付的款项适用抵销后，原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司尚需给付被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司工程款93502.35元，限于本判决生效之日起十日内履行完毕。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条  之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费15160.00元，反诉案件受理费2138.00元减半收取1069.00元，合计16229.00元由原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司负担9737.4元，被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司负担6491.6元。
如不服本判决，可以在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数或者代表人的人数提出副本，上诉于恩施土家族苗族自治州中级人民法院。
上诉人应在提交上诉状时，根据不服本判决的上诉请求数额及《诉讼费用交纳办法》第十三条  第（一）款  的规定，预交上诉案件受理费，款汇至收款人:湖北省恩施土家族苗族自治州中级人民法院，开户银行:中国农业银行恩施开发区支行，帐号:17×××04（特别提示:用途栏务必注明系某某上诉案诉讼费并将汇款凭证及联系电话提交本院或邮寄至恩某某中级人民法院立案一庭）。
上诉人在上诉期届满后七日内仍未预交上诉费用的，按自动撤回上诉处理。

本院认为，双方当事人对被告承建案涉系列工程，工程经竣工验收合格已经使用没有争议，本院对该事实予以确认。
案涉系列工程属于应当招标工程，双方当事人在本院指定期限内未提交案涉系列工程经过招投标的证据。
故，案涉建设施工合同应认定为无效合同。
关于原告的主张，被告承认原告的诉讼请求，不违反法律规定，本院对原告的诉讼请求依法予以支持。
关于被告主张权利的时效问题。
被告相应权利主张的诉讼时效期间，应从被告知道或应当知道其权利被侵害时起计算。
从本案事实看，2006年以来，原告向被告发包多个工程，约定预付款、按月支付工程进度款，工程完工后对被告承包的施工标段进行工程结算审计。
由此可知，原告向被告支付工程款是连续、动态的过程。
2014年12月1日，原告向被告发函，要求被告于2014年12月15日前退还超付的工程款，被告2014年12月8日收悉。
货币作为种类物，无法显示支付的项目，被告2014年12月8日收到原告发函才知道原告未付工程款的数额，被告主张债权的诉讼时效应从2014年12月9日计算，其2016年2月21日提起反诉，未过二年的诉讼时效期间。
关于被告要求支付工程款的问题。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条  规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人要求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。
同时，上述司法解释第十六条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
《野三河电站陈家湾水土保持挡墙协议书》、《野三河电站乔河口水土保持挡墙协议书》明确约定项目单价以及工程量据实结算，未约定工程款的结算应先行审计，被告抗辩案涉工程款的数额应以审计结果为依据无事实依据。
双方当事人及监理对上述工程的完工结算结论签字盖章予以认可，原告应按案涉工程完工结算报表上确定的数额1244563.48元（陈家湾水土保持挡墙工程款580672.15元、乔河口水土保持挡墙工程款663891.33）支付工程款。
原、被告双方的债务符合《中华人民共和国合同法》第九十九条  规定的抵销情形，双方债务抵销后，原告还应支付被告工程款93502.35元。

依照《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条  、《中华人民共和国合同法》第八条  、第六十条  、第四十四条  、第九十九条  、第一百零七条  、最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第十六条、最高人民法院《关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条  规定，判决如下:
一、被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司返还原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司工程款、材料款合计1151061.13元。
二、原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司支付被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司工程款1244563.48元。
三、上述第一、二项判决确定的相互给付的款项适用抵销后，原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司尚需给付被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司工程款93502.35元，限于本判决生效之日起十日内履行完毕。
如未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条  之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉案件受理费15160.00元，反诉案件受理费2138.00元减半收取1069.00元，合计16229.00元由原告建始县野三河流域水电开发有限责任公司负担9737.4元，被告恩某某新禹水利电力开发有限责任公司负担6491.6元。

审判长：魏玮

书记员：李爽